前面已经有复杂的回答了，我下面力图相对精简的回答这个问题：
政府的政策不符合经济学原理的理由只有两个原因：
一、学者（含经济学学者但不局限于经济学学者）并没有在一个问题上取得共识，执政者的政策只是与某一派学者的思路吻合，于是就不符合其他派别或者学科的学者的学术原理。
举个例子，是否放开成年人卖自己本人器官（假设只许卖器官的成年人公开对着电视台摄像头按手印然后再卖）。不同学科、学派的学者的意见会很不一样，至少伦理学家想的与经济学家想的会很不一样，经济学者应该会比伦理学家更倾向于允许器官买卖。执政者的政策不可能只考虑经济学家的意见，而不考虑别的学科学者的视角，更加不可能只照顾某一派别经济学家的意见。
二、假设关于一个政策的原理在诸多学者中基本取得共识，但是执政者还是执意不按照学者的来。原因是执政者（执政者也是经济人，不是大公无私）倾向于某利益集团A，而对立的利益集团由于交易成本的限制无法赎买利益集团A的特权。
举个例子，假设中国政府在高考录取中偏向某省份A每年给该省居民带来的总效用是+10000，给受害省份B带来的总效用是—30000。如果站在全国人民的角度，这样的不公不义而且毫无效率的政策应该被废除掉，但是，中央政府执政者自身因为种种原因偏向省份A。假设省份B的人民集合起来每年出钱出力赎买省份A的特权，那么该特权就会被废掉。但是，由于这个赎买计划的交易成本过高，所以无法实行。
从纯理论上讲，在交易成本为零的世界，只要人类认识到一个制度没有效率（给A集团带来的好处小于给其他集团带来的坏处），该无效率的政策应该很快被消除。之所以不能消除的根本原因就是——交易成本为正，利益集团内部、不同利益集团之间的交易成本巨大，无法谈判。
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最后举一个通俗易懂的例子：
假设你学完经济学之后，发现你家乡的某行业被垄断了，这很不好。你打算说服县政府取消垄断，但是县政府已经被垄断行业商会收买了。你发现垄断行业因为垄断而获取的超额利润是每年500万，而你家乡的老百姓的消费者剩余损失是每年1000万。
如果交易成本为零，你可以去消费者那里每年搜集600万元交给垄断的商人与贪腐的官员，换取他们不要搞垄断。这是双赢，没有输家。
很可惜，交易成本很大，你不可能去找受损的消费者收钱去收买垄断商人与政府官员。于是乎，官商勾结就会继续进行，不合理的垄断继续存在。