关于这个问题，经常是甲在抨击儒家，而乙觉得甲根本就不了解儒家。也就是说，驳斥或者抨击一套学说，前提是明白这套学说是什么。麻烦就在于，儒家的核心观点是什么呢？如果多看几本书就清楚，现当代学者之间是有争议的，你永远不知道“儒家”的最终含义。
唯一的现实的出路，就是先说清楚是哪个版本的儒家，然后再开始批评。你是批评冯友兰笔下的儒家，还是劳思光笔下的儒家，还是。。。。。。
本答案提到的儒家，是劳思光以及金观涛、刘青峰笔下的儒家。我必须先树立好靶子，才能谈缺点。
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孔子及其学说的的出现是中华文化的超越性突破。孔门学说，是以道德为终极关怀，以家庭伦理为中心、将血缘关系道德化，为政治、社会制度寻找正当性标准的学说。孔子之后，儒家的正宗传人为孟子，支脉为荀子。。。。。。
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下面我就谈谈儒家的缺点（肯定有优点，但是不在这个答案中谈）
一、孔子不以为人之智慧在于能了解事物规律，而以为智慧之主要功能在于了解人本身，不重视知识的独立意义。
从当代人的立场看，不重视知识的独立意义会导致开不出“为了学术而学术”的科学精神。你随便找一个真心热爱数学或物理的学生，都是为了知识而知识。
二、孔子不重视思辨规律，而重视当机教化，其理论论证的严格性是有问题的。
譬如说，孔子企图“摄礼归仁”，为外在的“礼”找到内在的基础。宰我问三年之丧，孔子企图从“心安”的角度去说服弟子。无奈 宰我 觉得不守三年之制也心安，孔子就说宰我不仁。孔子的逻辑是父母抱子女三年，所以子女要以三年之丧回报父母。
孔子如果穿越到当代来知乎回答人伦关系的问题，有很大可能被思辨能力很强的人驳得很惨，虽然孔夫子是伟人而知乎上没有哲学/伦理学方面的伟人。
三、孔子以道德为终极关怀，要求自我应该依德性之要求处理形躯，不以穷通得失为念，甚至“杀身以成仁”。
打一个比方，一个班级搞毕业三十周年聚会。大家都称赞全班最善良正直的同学，即便他混得很差、是一个loser。并不追捧道德仅仅在中国人平均值水平的全班首富或全班最有权势的人，这就是遵循了儒家的标准在评价人，试问，中国有哪个班集体是按照儒家标准开同学会的呢？
以道德为终极关怀，立意过高，一般人做不到。当代的（实践上而不是学术上的）儒者往往是在道德上孤芳自赏的世俗生活的失败者而已，太难了。
四、根据劳思光先生的观点，孟子的性善说并不是指孟子真的相信人性在实然上利他多过自利，而是说人性中含有利他的种子。孟子觉得应该精心养护这些弱小的种子，让它茁壮成长，最终达到道德的完善。孟子重视的是人在进德之路上的主观能动性。
虽然劳先生极力为孟子辩护，但是孟子学说的缺点就是强调人性中的善端，而忽视人性中的动物性的一面（要吃好吃的、要穿好穿的、要住好房子、要有性生活。。。。）。孟子说，人如果沉溺于基本需求而不开出善果，那就是禽兽。但是，真相本来就是满街皆是禽兽（这里“禽兽”的定义指受困于物欲、性欲等基本需求的人）
孟子（以及力挺他的劳思光）的另外一个缺点就是对于人的主观能动性过度强调。孟子不懂现代心理学，不明白人的德性已经由先天与七岁之前的早期经历决定一大半。孟子就类似于一个天赋很高的人，看到天赋很低的人，说“你们为何不努力考985？”。
我已经推荐过好几次劳先生的著作了，真相是我的观点是与劳先生（以及其笔下的孟子）是很冲突的。劳思光很不喜欢谈人的才性（“才性”一词在这里特指道德的天赋）高低而强调主观能动性，而本答主特喜欢鼓吹君子、贤人是基因与七岁以前人生经历决定的。
五、荀子强调人性在实然上自利的一面，这是有意义的。无奈荀子转向威权主义，被法家利用。法家是强调人民的恶，帮助君主建立秩序统治人民，而没有强调包括君主在内的所有人的人性都需要被制衡。
儒家的性恶论避而不谈统治者的恶，进而提出制衡统治者，令人遗憾。而且荀子在历史上是作为儒家支流出现的，而不是儒家正宗，被视为儒家正宗是孟子。
总之，古代中国人没有幽暗意识（不明白幽暗意识的，请百度），是一个极大的缺陷。
六、先秦儒家之后的儒学大师们始终有几个大毛病
1、在伦理道德上，回避德福不一致的尖锐问题。也就是说，一个儒生当一个好人，而周围的人不那么好，该儒生被社会庸俗势力反扑了，混得很差，怎么办？回避德福不一致议题，很容易导致伪君子横行。
先秦以后的知识精英往往是学生时代读圣贤书，有机会混官场就在实际行为上黑化，在德福不一致的议题上保持缄默。
德福不一致的囚徒困境是任何一个对道德议题感兴趣的人都会花大力气思考的，但是宋明儒学基本上不谈。本答主从十几岁就反复思考的问题，朱熹、王阳明们居然轻轻放过，我表示不理解。康德就思考过这个问题，我表示很欣赏。谈道德伦理而不谈德福不一致，是极大的不真诚。
也不能说儒家没有谈，“富贵不能淫、贫贱不能移、威武不能屈”就是答案。但是这个答案不现实，不现实的答案长期存在而无人修改就是不真诚。
2、不提人性在实然上恶的一面，更不提统治阶层的恶。其政治思路总是在“得君行道”、“内圣外王”打转。
3、过度拔高教化的力量，迷信人的主观能动性。儒家大师没看过现代心理学。
4、独尊“德性”的学问，挤压了其他学问的空间，不重视“为了知识而知识”的自然科学。
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我对于古代的孔子、孟子、荀子、朱熹、王阳明的理论都是采取尊重而不遵从的态度 ，我也不认同儒家对于现代人有多么了不得的意义。我看中国哲学的目的仅仅是了解中国文化，而不是追随圣贤脚步去的。
孔子、孟子。。。。朱熹、王阳明，穿越到当下，上知乎回答父子关系问题、婆媳关系问题、婚前同居问题、出轨问题、反腐败问题。他们能否在伦理道德与政治议题上让大家觉得确实比一般知乎网友更高明，我表示极大的怀疑。
我推荐大家看一本洋人的《伦理学与生活》，再对比一下儒学里是如何讲伦理道德的，再思考一下你作为当代人面临的道德困境，你就会明白了。